A obra conta a história de amor vivida por Martin, um português, e Iracema uma índia tabajara. Eles apaixonaram-se quase que à primeira vista. Devido a diferença etnica, por Iracema ser filha do pajé da tribo e por Irapuã gostar dela, a única solução para ficarem juntos, é a fuga. Ajudados por Poti, Iracema e Martim, fogem do campo dos tabajaras, e passam a morar na tribo de Poti (Pitiguara). Isso faz com que Iracema sofra, mas seu amor por Martim é tão mais forte, que logo ela se acostuma, ou pelo menos, não deixa transparecer. A fuga de Iracema faz com que uma nova batalha seja travada entre os tabjaras e os pituguaras. Pois Arapuã quer se vingar de Martin, que "roubou" Iracema, mas Mertim é amigo de Poti, índio pitiguara, que irá protegê-lo. Além disso, a tribo tabajara alia-se com os franceses que lutam contra os portugueses, que são aliados dos pitiguaras, pela posse do território brasileiro. Com o passar do tempo, Martim começa a sentir falta das pessoas que deixou em sua pátria, e acaba distanciando-se de Iracema. Esta, por sua vez, já grávida, sofre muito percebendo a tristeza do amado. Sabendo que é o motivo do sofrimento de Martim, ela resolve morrer depois que der à luz ao filho. Sabendo da ausência de Martim, Caubí, irmão de Iracema, vai visitá-la e dia que já a perdoou por ter fugido e dado às costas à sua tribo. Acaba conhecendo o sobrinho, e promete fazer visistas regulares aos dois. Conta que Araquém, pai de Iracema, está muito velho e mal de saúde, devido à fuga de Iracema. Justo no período que Martim não está na aldeia, Iracema dá luz ao filho, ao qual dá o nome de Moacir. Sofrendo muito, não se alimentando, e por ter dado à luz recentemente, Iracema não suporta mais viver e acaba morrendo logo após entregar o filho à Martim. Iracema é enterrada ao pé de um coqueiro, na borda de um rio, o qual mais tarde seria batizzado de Ceará, e que daria também nome à região banhada por este rio. Ao meio desta bela história de amor, estão os conflitos tribais, intensificados pela intervenção dos brancos, peocupados apenas em conquistar mais territórios e dominar os indígenas.
